首先要明確的是，農(nóng)村一些長(zhǎng)期占用的建設(shè)用地，實(shí)際上并未辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用手續(xù)，規(guī)劃許可手續(xù)以及登記手續(xù)，雖然“二調(diào)”、“三調(diào)”或年度變更調(diào)查時(shí)被調(diào)查為建設(shè)用地，但屬于無(wú)合法來(lái)源的建設(shè)用地，本質(zhì)上是違法違規(guī)用地。
2021年11月26日，自然資源部辦公廳印發(fā)的《土地衛(wèi)片執(zhí)法圖斑合法性判定規(guī)則》規(guī)定，對(duì)《土地管理法》頒布實(shí)施后（備注：1987年以后），在未經(jīng)審批或無(wú)合法權(quán)源的建設(shè)用地上翻新、翻建、新建行為認(rèn)定為新增非農(nóng)建設(shè)違法用地。
由于各種復(fù)雜的原因，多年來(lái)，各地普遍存在一些存量違法用地，也稱(chēng)歷史遺留問(wèn)題，而且量大面廣。之所以存在大量歷史形成的違法用地，主要是各地出于各種原因，一直沒(méi)拆除（或沒(méi)收），也沒(méi)補(bǔ)辦用地手續(xù)，有的可能罰了點(diǎn)款，就那么占著用著，但一直在賬上掛著。沒(méi)有合法用地手續(xù)，還能長(zhǎng)期占有使用，也有的私下轉(zhuǎn)讓?zhuān)此普剂吮阋?，但不能辦理土地抵押，不能正常進(jìn)入土地二級(jí)市場(chǎng)，容易產(chǎn)生產(chǎn)權(quán)糾紛，如果翻新翻建，會(huì)被認(rèn)定為新增違法用地，面臨拆除的風(fēng)險(xiǎn)。尤其是允許集體經(jīng)營(yíng)性集體用地入市后，沒(méi)有合法用地手續(xù)的，會(huì)被排斥在公開(kāi)市場(chǎng)之外。 對(duì)違法用地的處理，主要有三種方式，一是對(duì)不符合規(guī)劃的拆除，二是對(duì)符合規(guī)劃的可以補(bǔ)辦用地手續(xù)，三是對(duì)特殊情形拆不了也補(bǔ)不了的，可以暫時(shí)停留。農(nóng)村地區(qū)補(bǔ)辦用地手續(xù)，主要是辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用手續(xù)，一般不用征收，也就是只轉(zhuǎn)不征，另外就是涉及確權(quán)登記，針對(duì)不同時(shí)期，國(guó)家已出臺(tái)了一些政策規(guī)定，各地也有一些具體政策。
重要提醒：對(duì)違反生態(tài)保護(hù)紅線管控要求建房、城鎮(zhèn)居民非法購(gòu)買(mǎi)宅基地、小產(chǎn)權(quán)房等，不得辦理登記，不得通過(guò)登記將違法用地合法化。
政策要求
01綜合考慮相關(guān)文件要求
2022年9月23日，自然資源部印發(fā)的《自然資源違法行為立案查處工作規(guī)程（試行）》4.3.3 部分提出：承辦人員應(yīng)當(dāng)在證據(jù)認(rèn)定和事實(shí)認(rèn)定的基礎(chǔ)上，嚴(yán)格依照法律法規(guī)的規(guī)定，綜合考慮歷史遺留建筑物處置等有關(guān)文件要求，提出處理建議。
這里需要關(guān)注的是：“綜合考慮歷史遺留建筑物處置等有關(guān)文件要求”。本著依法依規(guī)、實(shí)事求是原則，在近年來(lái)開(kāi)展的“大棚房”、違建“別墅”、農(nóng)村亂占耕地建房、自建房等專(zhuān)項(xiàng)整治以及農(nóng)村集體建設(shè)用地和宅基地確權(quán)登記中，為避免造成社會(huì)財(cái)富浪費(fèi)，防止簡(jiǎn)單粗暴、一拆了之，國(guó)家出臺(tái)了一些政策性文件，當(dāng)然，有的是不公開(kāi)的。在執(zhí)法辦案中，對(duì)涉及歷史遺留建筑物的處置，要綜合考慮，既要依據(jù)法律規(guī)定，也要參照相關(guān)政策文件，妥善處理。
這也就是說(shuō)，過(guò)去蓋的房子，雖然用地不合法，但應(yīng)區(qū)分不同情形，分類(lèi)處置，有的可以補(bǔ)辦用地手續(xù)，有的可以暫時(shí)保留幾年，當(dāng)然，有的必須拆除或沒(méi)收。所以，一定要學(xué)習(xí)研究相關(guān)政策文件。（推薦閱讀：一圖讀懂：農(nóng)村占用耕地建房須知）
02地類(lèi)認(rèn)定問(wèn)題
歷史上形成的違法用地，如果按現(xiàn)狀地類(lèi)，在二調(diào)、三調(diào)以及年度變更調(diào)查中，絕大多數(shù)都被調(diào)查認(rèn)定為建設(shè)用地（個(gè)別可能還是農(nóng)用地），對(duì)這種無(wú)合法來(lái)源的建設(shè)用地如何認(rèn)定，按照目前政策規(guī)定，主要兩種情形：
一是追溯建設(shè)前的原地類(lèi)。無(wú)論建設(shè)用地報(bào)批，還是執(zhí)法，都應(yīng)追溯地類(lèi)。但在執(zhí)法中，對(duì)三調(diào)時(shí)的無(wú)合法來(lái)源建設(shè)用地，一般只追溯到二調(diào)（2018年度變更調(diào)查數(shù)據(jù)庫(kù)地類(lèi)），如果二調(diào)也是建設(shè)用地，就按建設(shè)用地認(rèn)定地類(lèi)，如果二調(diào)是耕地，就按耕地認(rèn)定地類(lèi)。（推薦閱讀：土地執(zhí)法中如何判定地類(lèi)？）
二是直接按建設(shè)用地認(rèn)定地類(lèi)。對(duì)二調(diào)和三調(diào)都是建設(shè)用地，但無(wú)合法來(lái)源，可以直接按建設(shè)管理認(rèn)定和管理的，目前國(guó)家層面只規(guī)定了三種情形：（1）集體經(jīng)營(yíng)性建設(shè)用地入市試點(diǎn)地區(qū)；（2）低效用地再開(kāi)發(fā)試點(diǎn)地區(qū)；（3）超大特大城市以及城區(qū)人口300萬(wàn)以上的城中村改造項(xiàng)目。但廣西、河南、云南等地已發(fā)文明確，可以直接按建設(shè)用地認(rèn)定和管理。（推薦閱讀：“二調(diào)”和“三調(diào)”都是建設(shè)用地，能按建設(shè)用地認(rèn)定嗎？）
為違法用地補(bǔ)辦用地手續(xù)，地類(lèi)認(rèn)定是關(guān)鍵，如果認(rèn)定為耕地及其他農(nóng)用的，需要辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用手續(xù)，一般要求先處罰到位，還涉及新增指標(biāo)和落實(shí)耕地占補(bǔ)平衡；如果認(rèn)定為建設(shè)用地，有的可以直接確權(quán)登記，這要看國(guó)家層面和各地具體政策規(guī)定。
03規(guī)劃問(wèn)題
補(bǔ)辦用地手續(xù)，有一個(gè)重要前提條件，就是必須符合國(guó)土空間規(guī)劃。對(duì)農(nóng)村地區(qū)來(lái)說(shuō)，就是要納入規(guī)劃的村莊建設(shè)用地邊界內(nèi)。
目前，鄉(xiāng)鎮(zhèn)國(guó)土空間規(guī)劃有的地方已完成編制和審批，有的地方還正在編制之中，村莊規(guī)劃屬于詳細(xì)規(guī)劃，對(duì)村莊規(guī)劃的要求是根據(jù)實(shí)際情況，可以編也可以不編，如果不編，對(duì)規(guī)劃的有關(guān)要求要體現(xiàn)在鄉(xiāng)鎮(zhèn)國(guó)土空間規(guī)劃“通則式”規(guī)定中。（推薦閱讀：自然資源部辦公廳關(guān)于鄉(xiāng)村地區(qū)“通則式”規(guī)劃技術(shù)管理規(guī)定編制要求的通知）
對(duì)正在編制鄉(xiāng)鎮(zhèn)國(guó)土空間規(guī)劃的，一定要充分考慮的歷史遺留用地問(wèn)題，尤其是已摸底排查的農(nóng)村亂占耕地建房存量問(wèn)題（2013年至2020年7月）。對(duì)可以保留的應(yīng)首先納入規(guī)劃，否則直接影響后期補(bǔ)辦用地手續(xù)；對(duì)已審批的鄉(xiāng)鎮(zhèn)國(guó)土空間規(guī)劃，可以通過(guò)調(diào)規(guī)的方式將保留的歷史遺留用地問(wèn)題納入規(guī)劃。（推薦閱讀：匯編｜村莊規(guī)劃相關(guān)規(guī)定）
無(wú)權(quán)屬來(lái)源處理政策
01沒(méi)有權(quán)屬來(lái)源材料怎么辦
2020年7月22日，自然資源部辦公廳關(guān)于印發(fā)的《宅基地和集體建設(shè)用地使用權(quán)確權(quán)登記工作問(wèn)答》（自然資辦函〔2020〕1344號(hào)）提出：《國(guó)土資源部關(guān)于進(jìn)一步加快宅基地和集體建設(shè)用地確權(quán)登記發(fā)證有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)土資發(fā)〔2016〕191號(hào)）規(guī)定，對(duì)于沒(méi)有權(quán)屬來(lái)源材料的集體建設(shè)用地，應(yīng)當(dāng)查明土地歷史使用情況和現(xiàn)狀，認(rèn)定屬于合法使用，經(jīng)所在農(nóng)民集體經(jīng)濟(jì)組織或村民委員會(huì)同意，并公告30天無(wú)異議或者異議不成立的，經(jīng)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核，報(bào)縣級(jí)人民政府批準(zhǔn)，予以確權(quán)登記。2025年7月，河北省自然資源廳、省發(fā)改委、省農(nóng)業(yè)農(nóng)村廳印發(fā)的《保障和規(guī)范農(nóng)村一二三產(chǎn)業(yè)融合發(fā)展用地實(shí)施細(xì)則》（冀自然資字〔2025〕25號(hào)）提出：對(duì)于沒(méi)有權(quán)屬來(lái)源材料的鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)、公益事業(yè)和公共設(shè)施用地等集體建設(shè)用地，由縣級(jí)自然資源主管部門(mén)組織村委會(huì)等查明土地歷史使用情況和現(xiàn)狀，可以認(rèn)定屬于合法使用的，經(jīng)所在農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織同意，公告30天無(wú)異議，經(jīng)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核，報(bào)縣級(jí)人民政府批準(zhǔn)，確定集體建設(shè)用地使用權(quán)。
02沒(méi)有規(guī)劃手續(xù)怎么辦自然資源部印發(fā)的《關(guān)于加快宅基地和集體建設(shè)用地使用權(quán)確權(quán)登記工作的通知》（自然資發(fā)〔2020〕84號(hào)）規(guī)定：
對(duì)合法宅基地上房屋沒(méi)有符合規(guī)劃或建設(shè)相關(guān)材料的，地方已出臺(tái)相關(guān)規(guī)定，按其規(guī)定辦理。未出臺(tái)相關(guān)規(guī)定，位于原城市、鎮(zhèn)規(guī)劃區(qū)內(nèi)的，出具規(guī)劃意見(jiàn)后辦理登記。
位于原城市、鎮(zhèn)規(guī)劃區(qū)外且在《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》實(shí)施前建設(shè)的，在辦理登記時(shí)可不提交符合規(guī)劃或建設(shè)的相關(guān)材料；位于原城市、鎮(zhèn)規(guī)劃區(qū)外且在《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》實(shí)施后建設(shè)的，由集體經(jīng)濟(jì)組織或者村民委員會(huì)公告15天無(wú)異議或者異議不成立，經(jīng)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核后，按照審核結(jié)果辦理登記。（推薦閱讀：《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》頒布之前的違建，未必適用“法不溯及既往"）
分階段處理政策
01補(bǔ)辦用地手續(xù)問(wèn)題
2022年8月2日，自然資源部印發(fā)《關(guān)于積極做好用地用海要素保障的通知》提出：建設(shè)項(xiàng)目使用城鎮(zhèn)低效用地的，可以繼續(xù)按照《關(guān)于深入推進(jìn)城鎮(zhèn)低效用地再開(kāi)發(fā)的指導(dǎo)意見(jiàn)（試行）》（國(guó)土資發(fā)〔2016〕147號(hào)）有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。（推薦閱讀：這個(gè)文件還有效：《關(guān)于深入推進(jìn)城鎮(zhèn)低效用地再開(kāi)發(fā)的指導(dǎo)意見(jiàn)》）。這個(gè)文件提出：用地行為發(fā)生在1986年12月31日之前的：由市、縣人民政府土地行政部門(mén)出具符合土地利用總體規(guī)劃的審核意見(jiàn)書(shū)，依照原國(guó)家土地管理局發(fā)布的《確定土地所有權(quán)和使用權(quán)的若干規(guī)定》進(jìn)行確權(quán)后，由市縣人民政府辦理土地確權(quán)登記發(fā)證手續(xù)。
用地行為發(fā)生在1987年1月1日至1998年12月31日之間的：符合土地利用總體規(guī)劃，已與農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織或農(nóng)戶(hù)簽訂征地協(xié)議并已落實(shí)，且未因征地補(bǔ)償安置等問(wèn)題引發(fā)糾紛、迄今被征地農(nóng)民無(wú)不同意見(jiàn)的，依照1988年修正的《土地管理法》有關(guān)規(guī)定，落實(shí)處理(處罰)措施后按土地現(xiàn)狀辦理征收手續(xù)。
用地行為發(fā)生在1999年1月1日至2009年12月31日之間的：符合土地利用總體規(guī)劃，已與農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織或農(nóng)戶(hù)簽訂征地協(xié)議并已落實(shí)，且未因征地補(bǔ)償安置等問(wèn)題引發(fā)糾紛、迄今被征地農(nóng)民無(wú)不同意見(jiàn)的，按照1998年修訂的《土地管理法》有關(guān)規(guī)定，繳納耕地開(kāi)墾費(fèi)和新增建設(shè)用地土地有償使用費(fèi)，落實(shí)處理(處罰)措施后辦理土地轉(zhuǎn)用征收手續(xù)。
02集體建設(shè)用地使用權(quán)問(wèn)題
原國(guó)土資源部印發(fā)的《關(guān)于進(jìn)一步加快宅基地和集體建設(shè)用地確權(quán)登記發(fā)證有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)土資發(fā)〔2016〕191號(hào)）提出：
1987年《土地管理法》實(shí)施前：使用集體土地興辦鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）村公益事業(yè)和公共設(shè)施，經(jīng)所在鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核后，可依法確定使用單位集體建設(shè)用地使用權(quán)。鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)用地和其他經(jīng)依法批準(zhǔn)用于非住宅建設(shè)的集體土地，至今仍繼續(xù)使用的，經(jīng)所在農(nóng)民集體同意，報(bào)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核后，依法確定使用單位集體建設(shè)用地使用權(quán)。
1987年《土地管理法》實(shí)施后：鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）村公益事業(yè)和公共設(shè)施用地、鄉(xiāng)鎮(zhèn)企業(yè)用地和其他經(jīng)依法批準(zhǔn)用于非住宅建設(shè)的集體土地，應(yīng)當(dāng)依據(jù)縣級(jí)以上人民政府批準(zhǔn)文件，確定使用單位集體建設(shè)用地使用權(quán)。
03宅基地超面積問(wèn)題
原國(guó)土資源部印發(fā)的《關(guān)于進(jìn)一步加快宅基地和集體建設(shè)用地確權(quán)登記發(fā)證有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)土資發(fā)〔2016〕191號(hào)）提出：
1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施前：農(nóng)民集體經(jīng)濟(jì)組織成員建房占用的宅基地，范圍在《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施后至今未擴(kuò)大的，無(wú)論是否超過(guò)其后當(dāng)?shù)匾?guī)定面積標(biāo)準(zhǔn)，均按實(shí)際使用面積予以確權(quán)登記。
1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施起至1987年《土地管理法》實(shí)施時(shí)止：農(nóng)民集體經(jīng)濟(jì)組織成員建房占用的宅基地，超過(guò)當(dāng)?shù)匾?guī)定面積標(biāo)準(zhǔn)的，超過(guò)面積按國(guó)家和地方有關(guān)規(guī)定處理的結(jié)果予以確權(quán)登記。
1987年《土地管理法》實(shí)施后：農(nóng)民集體經(jīng)濟(jì)組織成員建房占用的宅基地，超過(guò)批準(zhǔn)面積建設(shè)的，不予確權(quán)登記。符合規(guī)劃經(jīng)依法處理予以保留的，在補(bǔ)辦相關(guān)用地手續(xù)后，只登記批準(zhǔn)部分，超出部分在登記簿和證書(shū)中注記。
歷史上接受轉(zhuǎn)讓、贈(zèng)與房屋占用的宅基地超過(guò)當(dāng)?shù)匾?guī)定面積標(biāo)準(zhǔn)的：按照轉(zhuǎn)讓、贈(zèng)與行為發(fā)生時(shí)對(duì)宅基地超面積標(biāo)準(zhǔn)的政策規(guī)定，予以確權(quán)登記。
04非本村成員宅基地問(wèn)題
原國(guó)土資源部印發(fā)的《關(guān)于進(jìn)一步加快宅基地和集體建設(shè)用地確權(quán)登記發(fā)證有關(guān)問(wèn)題的通知》（國(guó)土資發(fā)〔2016〕191號(hào)）提出：非本農(nóng)民集體成員因扶貧搬遷、地質(zhì)災(zāi)害防治、新農(nóng)村建設(shè)、移民安置等按照政府統(tǒng)一規(guī)劃和批準(zhǔn)使用宅基地的，在退出原宅基地并注銷(xiāo)登記后，依法確定新建房屋占用的宅基地使用權(quán)。
1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施前：非農(nóng)業(yè)戶(hù)口居民（含華僑）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，范圍在《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施后至今未擴(kuò)大的，可按實(shí)際使用面積予以確權(quán)登記。
1982年《村鎮(zhèn)建房用地管理?xiàng)l例》實(shí)施起至1999年《土地管理法》修訂實(shí)施時(shí)止：非農(nóng)業(yè)戶(hù)口居民（含華僑）合法取得的宅基地或因合法取得房屋而占用的宅基地，按照批準(zhǔn)面積予以確權(quán)登記，超過(guò)批準(zhǔn)的面積在登記簿和權(quán)屬證書(shū)附記欄中注明。
對(duì)多年累積形成的大量違法用地，整改難度非常大，主要還是：正常途徑太難辦，膽大敢建占便宜，曾可確權(quán)也不用，現(xiàn)在拆除都犯難，補(bǔ)辦手續(xù)是條路，規(guī)劃成為前置關(guān)。
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